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Découverte de modèles de gènes dans des matrices 3D de données de cellule unique

Dernière mise à jour : 5 avr. 2023

P. Fogel, O. Jay, G. Boldina, A. Fedorov, G. Luta et F. Augé. Présentation donnée lors du Discovery Summit Europe 2023, JMP User Community, une application de deux nouveaux compléments JSL (2023-EU-30MP-1327), Mars 2023.


Abstract : Les matrices sont des tenseurs du second ordre. Dans certaines applications, les données d'entrée sont des tenseurs d'ordre 3 ou supérieur. Par exemple, les données d'expression génique de différents types de cellules trouvées chez un même donneur forment un tenseur de second ordre de la forme {type de cellule × gène}, tandis que la collecte de types de cellules similaires sur différents donneurs aboutit à un tenseur de troisième ordre du forme {type de cellule × gène × donneur}. Nous présentons deux compléments JMP, dont le premier effectue une analyse de données multivoie d'un tenseur de troisième ordre à l'aide d'une factorisation de tenseur non négatif. Le deuxième complément permet de visualiser les principaux modèles d'expression trouvés dans le tenseur sous la forme de cartes thermiques parallèles. À l'aide d'un ensemble de données de transcriptome public, nous montrons comment ces outils permettent la découverte et la visualisation de tri-clusters de types de cellules, de gènes et de donneurs qui partagent des modèles transcriptomiques similaires, résultant en des signatures de type cellulaire qui peuvent être utilisées pour déconvoluer des mélanges en vrac de différentes cellules. les types. Nous montrons également que le package Python utilisé pour effectuer les calculs de base peut être intégré de manière transparente dans les scripts JSL.


Lien vers l'évènement (incl. vidéo de la présentation)

Téléchargement du package JMP

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